Stefan Schlatterer wurde 2004 zum Oberbürgermeister der Stadt Emmendingen gewählt. 2020 wurde er mit 64,3 % der gültigen Stimmen von den Emmendinger Bürger_innen in seine dritte  Amtszeit gewählt.
Der Oberbürgermeister ist Vorsitzender des Stadtrats und leitet die Stadtverwaltung. Er repräsentiert die Stadt nach außen und ist verantwortlich für den Vollzug der Stadtratsbeschlüsse sowie die innere Organisation der Verwaltung.

Er ist Aufsichtsratsvorsitzender der Städtischen Wohnbau Emmendingen GmbH, der Stadtbau Emmendingen GmbH und der Stadtwerke Emmendingen GmbH, Verbandsvorsitzender des Zweckverbandes Volkshochschule und Musikschule Nördlicher Breisgau, des Abwasserzweckverbandes „Untere Elz“ und der Vereinbarten Verwaltungsgemeinschaft Emmendingen, Teningen, Sexau, Freiamt und Malterdingen
Außerdem ist Stefan Schlatterer Mitglied im Finanzauschuss des Deutschen Städtetags und im Rechts- und Verfassungsausschuss des Städtetags Baden-Württemberg.